योग साधना आश्रम अपने उद्देश्यों की पूर्ति के लिए कुछ कार्यक्रम स्थायी रूप से तथा कुछ समसामयिक आधार पर चला रहा है. इनमे से कुछ प्रमुख कार्यक्रम निम्न प्रकार से है.

आश्रम मुख्य रूप से योग प्रशिक्षण का कार्य करता है. राज्य के शिक्षा विभाग ने योग प्रशिक्षण हेतु प्रमाणिक संस्था के रूप में मान्यता दी है. इस कारण योग प्रशिक्षण और योग चिकित्सा में प्रमाण पत्र व डिप्लोमा पाठ्यक्रम शुरू किया गया. केंद्रीय योग एवं प्राकृतिक चिकित्सा अनुसन्धान परिषद् ने भी इस निमित्त अनुदान दिया, जिससे एक वर्षीय योग एवं प्राकृतिक चिकित्सा का डिप्लोमा प्रशिक्षण दिया जाता रहा है.

प्रशिक्षनार्थियों को स्वास्थ्य रक्षा की भूमिका, शारीर विज्ञान व विभिन्न रोगों के बारे में जानकारी, अष्टांग योग का महत्व, षट्कर्म, सूक्ष्म क्रियाएं, व्यायाम, आसन, प्राणायाम, ध्यान और सोलह संस्कारों का बौद्धिक एवं व्यवहारिक ज्ञान पर प्रकाश डाला जाता है. डिप्लोमा में मिट्टी, जल, सूर्य किरण, मसाज चिकित्सा आदि के साथ एक्यूप्रेशर व सुजोक की जानकारी भी दी जाती है.

प्राकृतिक चिकित्सालय जीवन जीने का विज्ञान है. यह सरल एवं सस्ती सकारात्मक पद्धति है. यह संपूर्ण स्वास्थ्य की वह विधि है जिसमे निःसर्गानुमी होकर स्वास्थ्य के नियमों का पालन द्वारा आरोग्य लाभ के मार्ग पर चलते है. योग साधना आश्रम पहला 'सुख निरोगी काया' के सिद्धांत पर काम करते हुए लोगों को विभिन्न रोगों की चिकित्सा हेतु प्राकृतिक एवं योग चिकित्सा की सुचारू एवं प्रभावी व्यवस्था भी करता है, जिसमें मिट्टी पट्टी, एनिमा, कटी स्नान, पाद स्नान, टब स्नान और मालिश के साथ वाष्प स्नान की व्यवस्था है. महिलाओं के लिए चिकित्सा की पृथक से व्यवस्था है. योग एवं प्राकृतिक चिकित्सा एक दुसरे के पूरक है इसलिए यहाँ दोनों के अभ्यास की पृथक-पृथक व्यवस्था है. आश्रम में टी.बी. को छोड़कर प्रायः सभी रोगों की बिना दवाई के यौगिक चिकित्सा होती है. जैसे श्वास सम्बन्धी रोग, नजला, जुकाम, साइनस, दम तथा पेट सम्बन्धी - अल्सर, कब्ज, आंव आदि मन सम्बन्धी अनिद्रा, घबराहट, तनाव, हिस्टीरिया, मधुमेह, रक्तचाप इत्यादि.